Archiwum Narodowe w Krakowie przechowuje materiały archiwalne wchodzące w skład tak zwanego narodowego zasobu archiwalnego. Są to wszelkiego rodzaju akta i dokumenty, niezależnie od postaci i sposobu wytworzenia (a więc mogą to być akta, mapy, fotografie, nagrania, filmy, dokumenty elektroniczne), uznane za ważne dla dokumentowania historii Państwa Polskiego, jego organów i relacji z innymi państwami, życia społecznego, naukowego, religijnego, gospodarczego. Narodowy zasób archiwalny przechowuje się wieczyście i podlega on ustawowej ochronie.
Oprócz tego przechowujemy w naszych magazynach też inną dokumentację, nie klasyfikowaną jako narodowy zasób archiwalny. Takie akta, określane jako dokumentacja niearchiwalna, przechowywane są tylko przez określony przepisami okres czasu (może to być na przykład indywidualna dokumentacja potwierdzające zatrudnienie).