Księgozbiór Archiwum Narodowego w Krakowie jest specjalistycznym zbiorem publikacji – biblioteką naukową, która wspomaga warsztat badacza dzięki szerokiemu wyborowi literatury przedmiotu. W chwili obecnej liczy on ponad 30 tysięcy tytułów. Dominują wśród nich pozycje z zakresu archiwistyki, historii, nauk pomocniczych historii, wydawnictwa źródłowe, opracowania oparte na materiałach archiwalnych, oraz rozmaite regionalia (w tym szczególnie liczne cracoviana). Cenną pomoc dla korzystających z biblioteki stanowią również encyklopedie, słowniki językowe i tematyczne, bibliografie, informatory, biuletyny, roczniki statystyczne, dzienniki urzędowe czy sprawozdania z działalności lokalnych instytucji. Poza bogatym wyborem wydawnictw zwartych Archiwum dysponuje również czasopismami.
Gromadzenie oraz ewidencjonowanie pozycji bibliotecznych należy do statutowych zadań Oddziału III – akt miasta Krakowa, samorządu terytorialnego, wyznaniowych, szkół i organizacji społecznych, jednak wszystkie krakowskie oraz zamiejscowe oddziały posiadają dostosowane do swojego profilu zbiory, które są udostępniane użytkownikom zasobu na miejscu w czytelniach.
W 2018 r. Archiwum nawiązało współpracę z Wojewódzką Biblioteką Publiczną w Krakowie, czego owocem stała się szeroko zakrojona akcja digitalizacji zbiorów Biblioteki Legionowej, będącej spuścizną po krakowskiej sekcji Naczelnego Komitetu Narodowego. Po szczegółowej selekcji wytypowano ponad 300 obiektów do zeskanowania. Pierwszych 100 tytułów udostępniono z okazji obchodów stulecia odzyskania przez Polskę Niepodległości na stronie internetowej Małopolskiej Biblioteki Cyfrowej (http://mbc.malopolska.pl).
