Pierwszy tom Krakowskiego Rocznika Archiwalnego ukazał się w 1995 r. W słowie wstępnym I tomu, Sławomir Radoń, dyrektor Archiwum Państwowego w Krakowie i pierwszy Redaktor Naczelny, nakreślił cele, jakie przyświęcają nowemu wydawnictwu:
Podejmując decyzję publikowania własnego rocznika pragniemy nawiązać do świetnych tradycji wydawniczych archiwów krakowskich, sięgających schyłku XIX w. Szczególnie środowisko naukowe skupione wokół Archiwum Aktów Dawnych m. Krakowa, w okresie przed I wojną światową i w dwudziestoleciu międzywojennym, może poszczycić się imponującym dorobkiem w zakresie publikacji: pomocy archiwalnych, źródeł, monografii i artykułów opartych o bezcenny zasób przechowywany w budynku przy ul. Siennej 16.
Do Komitetu Redakcyjnego zaproszono Wiesława Bieńkowskiego, Marię Kocójową, Wacława Kolaka, Krystynę Jelonek-Litewkę, Ludwika Łysiaka, Janinę Stoksik i Teresę Zielińską. Sekretarzem Naukowym została Bogusława Czajecka.
Analizując pierwszą dekadę istnienia Krakowskiego Rocznika Archiwalnego Maria Kocójowa stwierdziła:
Systematyczne starania o wypełnianie zadań postawionych przy zakładaniu KRA, mające odbicie w pierwszych dziesięciu rocznikach pozwalają na potwierdzenie potrzeby utworzenia nowego czasopisma oraz umocnienia obecności KRA w świadomości archiwistów i historyków. Na pozytywną ocenę zasługuje: sformułowanie i wypełnianie misji, zaangażowanie autorów i redakcji, rozmach i jakość publikacji w artykułach i materiałach źródłowych, opartych o poprawny warsztat historyczny, a w części dokumentacyjnej – o rzetelne informacje.
Przez lata zmianom ulegał skład Komitetu Redakcyjnego – dawni jego członkowie to Wiesław Bieńkowski (1995-2000), Bogusława Czajecka (1999-2003), Alicja Falniowska-Gradowska (2001-2010), Wacław Kolak (1995-2007), Ludwik Łysiak (1995-2003), Bożena Wyrozumska (1995-2012) i Teresa Zielińska (1995-2010). Zmieniali się także Sekretarze Naukowi – Bogusława Czajecka (1995-1998), Krystyna Jelonek-Litewka (1999-2005) i Bożena Lesiak-Przybył (1999-2005, 2013-2015), Kamila Follprecht (2006-2012).
W 2011 r. zmarł Sławomir Radoń, Naczelny Redaktor Rocznika, od kilku lat zajmując stanowisko Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych. Kolejni dyrektorzy Archiwum kontynuowali wydawanie Rocznika, uzupełniano także skład Komitetu Redakcyjnego. W 2015 r. zmieniła się wewnętrzna organizacja redakcji, powołana została Rada Naukowa.
Od grudnia 2012 r. wydawcą Krakowskiego Rocznika Archiwalnego jest Archiwum Narodowe w Krakowie, które otrzymuje dofinansowanie na ten cel od Naczelnego Dyrektora Archiwów Państwowych.
W 2012 r. Minister Nauki i Szkolnictwa Wyższego wpisał Rocznik na listę czasopism naukowych – lista B: 2012 r. – 1 punkt; 2013 r. – 3 punkty; 2014 r. – 3 punkty; 2015 r. – 6 punktów;
Krakowski Rocznik Archiwalny udostępnia swoje łamy zarówno doświadczonym badaczom, jak i tym, którzy dopiero rozpoczynają karierę naukową. Publikowane są w nim materiały związane z historią Krakowa i całej Małopolski, także Wschodniej. Zawartość Rocznika to: artykuły, materiały źródłowe, zagadnienia archiwistyki, miscellanea, in memoriam, recenzje i omówienia oraz kronika.
Wersją pierwotną czasopisma jest wersja papierowa. Wszystkie tomy Rocznika dostępne są on-line.
