IV. „NADAJEMY WSZYSTKIM... RELIGII WOLNOŚĆ”
Cesarskie zarządzenia gwarantowały osiedlającym się w Podgórzu wolność praktyk religijnych. Obok siebie żyli katolicy, ewangeliści i wyznawcy religii mojżeszowej, na równych prawach uczestniczący w życiu publicznym. Podgórze, w przeciwieństwie do innych miast galicyjskich, nie posiadało wydzielonej dzielnicy żydowskiej.
Uniwersał józefiński zapowiadał budowę świątyni i ustanowienie parafii katolickiej. Początkowo podgórzanie uczęszczali do kościółka pw. św. Bartłomieja w Ludwinowie. Własną parafię otrzymali w 1818 r. wraz z kaplicą w rządowym budynku Oekonomie Gebaeude. Pierwszy klasycystyczny kościół pw. św. Józefa w Rynku Głównym (Podgórskim) powstały w 1832 r. nie do końca spełniał oczekiwania parafian. Szybko okazało się, że jest za mały na potrzeby rozrastającej się społeczności oraz wadliwie zbudowany. Zły stan techniczny budynku zmusił władze miasta do jego rozbiórki w 1905 r. Budowę nowej świątyni powierzono lwowskiemu architektowi Janowi Sas Zubrzyckiemu, wykorzystując jego niezrealizowany projekt kościoła Najświętszego Zbawiciela w Warszawie. Monumentalną, neogotycką budowlę, zachwycającą rozmachem i licznymi nawiązaniami do sztuki europejskiej, konsekrowano 24 października 1909 r.
W 1900 r. do Podgórza przybyli ojcowie Redemptoryści, starając się zaszczepić kult maryjny w narażonej na wpływy laickie społeczności robotniczej. W 1903 r. przy ul. Mickiewicza (obecnie Zamoyskiego) wybudowano klasztor, projektu Gabriela Niewiadomskiego, zaś w 1906 r. konsekrowano kościół pw. Matki Bożej Nieustającej Pomocy, autorstwa Jana Sas Zubrzyckiego.
Pod koniec XVIII w. w południowo-wschodniej części Wzgórza Lasoty założono nekropolię, która miała służyć chrześcijańskim mieszkańcom miasta. Cmentarz stał się miejscem pochówku najznamienitszych podgórzan. Przepełniony, zamknięto w 1900 r. i zastąpiono nowym, umiejscowionym przy ul. Wapiennej, w sąsiedztwie kopca Krakusa.
Pierwszy ewangelicki dom modlitwy odnotowano w 1786 r. Zbór wraz z cmentarzem zlokalizowano w kwartale wydzielonym przez dzisiejsze ulice Limanowskiego – Krakusa – Rękawka – św. Benedykta. W 1816 r. Senat Wolnego Miasta Krakowa przekazał protestantom kościół św. Marcina. Przeniesienie nabożeństw do Krakowa spowodowało likwidację zboru i cmentarza ewangelickiego w Podgórzu.
Żydowska Gmina Wyznaniowa w Podgórzu powstała w 1891 r., wcześniej wyznawcy religii mojżeszowej należeli do Gminy Wyznaniowej Klasno. W 1888 r. przy ul. Jerozolimskiej założono cmentarz żydowski, a w latach 90. XIX w. wybudowano łaźnię. Żydzi podgórscy nie doczekali się własnej synagogi, choć planowali jej budowę. Na modlitwy gromadzili się w specjalnie do tego celu przeznaczonych prywatnych domach. Także stowarzyszenia religijno-dobroczynne obok działalności charytatywnej prowadziły własne bożnice, jak Stowarzyszenie Modlitwy i Wsparcia Bet ha-midrasz Chasidim zarządzające Bożnicą Zuckera przy ul. Węgierskiej 5.