Niestety mieszkańcom Krakowa nie dane było długo cieszyć się pomnikiem Naczelnika. Już w początkach 1940 roku pomnik Kościuszki podzielił los innych pomników bohaterów narodowych i został zniszczony przez Niemców. Po zakończeniu działań zbrojnych, niestrudzony A. Szyszko-Bohusz, kierujący odnową Zamku Królewskiego na Wawelu, już w 1946 r. wystąpił do zawiązanego Komitetu uczczenia 200-letniej rocznicy urodzin Tadeusza Kościuszki w sprawie konieczności odbudowy pomnika konnego Naczelnika.
Pomnik został zrekonstruowany przez stronę niemiecką i przekazany miastu Kraków jako dar mieszkańców Drezna. Ponowne jego odsłonięcie miało miejsce w 1960 roku.
Archiwum Narodowe w Krakowie 2019