Historię Archiwum tworzyli przede wszystkim jego pracownicy – ich wiedza, talenty, odkrycia, pasje i zaangażowanie nadawały znaczenie instytucji i przyczyniały się do jej rozwoju. Obok dyrektorów placówki: Stanisława Krzyżanowskiego, Adama Chmiela, Ludwika Strojka i Mariana Friedberga należy tu wymienić również Franciszka Piekosińskiego, który w latach 1887–1889 pełnił funkcję archiwariusza w archiwum miejskim, oraz jego poprzednika, Teofila Żebrawskiego.
Stanisław Krzyżanowski (1865–1917), kierował Archiwum w l. 1890–1917, od 1897 jako dyrektor; historyk, prawnik, archiwista i wydawca źródeł. Doktor historii i filozofii, profesor historii średniowiecznej i nauk pomocniczych historii UJ. Twórca pierwszego statutu Archiwum Aktów Dawnych Miasta Krakowa. Autor wielu prac naukowych, głównie z zakresu dyplomatyki i paleografii.
Adam Chmiel (1865–1934), dyrektor w l. 1917–1934; historyk kultury, archiwista, znawca i miłośnik Krakowa. Od 1890 roku pracował jako adiunkt, następnie archiwariusz w Archiwum Aktów Dawnych Miasta Krakowa, którego dyrektorem został w 1917 roku. Opublikował ponad 200 prac, głównie z zakresu historii sztuki, kultury i urbanistyki, opracowania z dziedziny sfragistyki, paleografii i heraldyki, a także archiwistyki i bibliologii. Zaprzyjaźniony ze Stanisławem Wyspiańskim, wraz z Tadeuszem Sinką przygotował do wydania Dzieła Wyspiańskiego w pięciu tomach (1924–1929).
Ludwik Strojek (1887–1956), dyrektor w l. 1934–1939; historyk i legionista, inicjator i współorganizator wielu uroczystości kulturalnych i patriotycznych w Krakowie np. pogrzebu Józefa Piłsudskiego. Od 1923 roku zatrudniony w krakowskim Magistracie, w Archiwum Aktów Dawnych Miasta Krakowa na stanowisku aplikanta, a następnie archiwariusza, w 1932 roku został zastępcą dyrektora Archiwum, a później dyrektorem. Współorganizował m.in. pierwszy konkurs szopek krakowskich, pierwsze Dni Krakowa.
Marian Friedberg (1902–1969), kierował Archiwum od IX 1939, dyrektor w l. 1945–1952; historyk, archiwista, wydawca źródeł, profesor nadzwyczajny UJ (1954). Na podstawie badań w zasobie archiwalnym ustalił herb miasta Krakowa (1937). Pracował w Archiwum od 1924 roku, od września 1939 roku (po internowaniu w Rumunii Ludwika Strojka) jako zastępca dyrektora, a następnie dyrektor. W okresie wojny zabezpieczał i chronił krakowskie archiwalia. Po połączeniu placówki z Archiwum Państwowym (1952) został kierownikiem oddziału akt miejskich, samorządowych, szkolnych i wyznaniowych.
Archiwum Narodowe w Krakowie 2017